组合贷款是分开还款的。一般情况下组合贷款是不能一起还款的，因为这两种贷款方式采用的还款方式不一样，公积金贷款部分能够现在选择采取自由还款的方式，商业贷款部分采取商业银行认可的还款方式。根据实际情况，如果您的公积金账户里面的钱比较多，可以签订按月转帐还款代扣业务，则每月还款时首先通过公积金帐户转账偿还，在帐户金额不足时再通过您的银行还款存折扣除;商业贷款也可以按月自动扣除绑定还款账户里面的钱，所以稳妥起见是每个月提前在自己的还款账户里存上足够的钱。
1、提出申请。
申请购房组合贷款人向当地住房资金管理提出书面申请，并提交有关资料;
2、签订合同。
申请购房组合贷款人获得住房公积金个人住房贷款额度之后，拿公积金管理部门出具的《公积金个人住房贷款委托通知单》，向贷款企业银行申请组合贷款。申请通过后，需与贷款企业银行签订借款合同和担保合同并且进行公证;
3、办理抵押保险。
签订合同后，到贷款银行办理抵押登记保险及其他必须的手续，以及缴纳抵押登记与保险费用，将保险单正本交给贷款银行保管;
4、开立帐户。
选用委托扣除款方式还款的客户，在贷款行开立还款专用的储蓄存折账户，同时，售房人要在贷款企业银行开立存款专户;
5、支用款项。
申请购房组合贷款人在银行填制购房组合贷款存凭证，然后贷款企业银行按照合同约定将贷款直接转入借款人的存款账户内。
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